Przedmiotem działania Instytutu jest prowadzenie badań naukowych i prac rozwojowych obejmujących w szczególności dyscypliny stwarzające naukowe podstawy zarządzania rybołówstwem morskim: oceanografię, rybactwo, biologię, ekologię, technologię przetwórstwa, chemię żywności i środowiska, bezpieczeństwo żywności, techniki połowów, ekonomikę i akwakulturę.

Do podstawowej działalności Instytutu, zgodnie z rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 24 grudnia 2007 r. w sprawie Polskiej Klasyfikacji Działalności (PKD) (Dz. U. poz. 1885 z późn. zm.), należy:

1) prowadzenie badań naukowych i prac rozwojowych w obszarze pozostałych nauk przyrodniczych i technicznych (PKD 72.19.Z);

2) prowadzenie badań naukowych i prac rozwojowych w obszarze nauk społecznych i humanistycznych (PKD 72.20.Z).

Do zadań Instytutu szczególnie ważnych dla planowania i realizacji polityki państwa, których wykonywanie jest niezbędne do zapewnienia bezpieczeństwa publicznego, gospodarki żywnościowej, ochrony środowiska, oraz poprawy jakości życia obywateli, wykonywanych w sposób ciągły należy:

1) realizacja zadań wynikających z programów zbierania danych niezbędnych do realizacji Wspólnej Polityki Rybołówstwa Unii Europejskiej,

2) realizacja badań statystycznych z zakresu rybołówstwa morskiego i przetwórstwa rybnego,

3) realizacja prac badawczych służących zrównoważonemu zarządzaniu żywymi zasobami morza.

Do zadań Instytutu należy ponadto:

1) prowadzenie badań naukowych i prac rozwojowych z dyscyplin wymienionych w § 8 Statutu MIR-PIB oraz przystosowanie ich wyników do publikacji lub wdrożenia w praktyce;

2) współpraca naukowa i naukowo-techniczna w zakresie wymaganym przez Wspólną Politykę Rybołówstwa Unii Europejskiej;

3) prezentowanie wyników badań naukowych i prac rozwojowych;

4) udział w pracach międzynarodowych organizacji koordynujących badania środowiska morskiego i żywych zasobów morza;

5) prowadzenie usług naukowo-technicznych;

6) przystosowywanie wyników badań naukowych i prac rozwojowych do wykorzystania w praktyce i wdrożenia;

7) prowadzenie kursów dokształcających;

8) prowadzenie działalności wydawniczej w zakresie wiedzy o morzu i jego żywych zasobach oraz innych zagadnień wynikających z działalności statutowej Instytutu;

9) popularyzacja wiedzy o morzu, jego zasobach oraz racjonalnych sposobach eksploatacji żywych zasobów morza przez:

1. działalność wystawienniczą Akwarium Gdyńskiego – placówki o statusie ogrodu zoologicznego, będącej komórką organizacyjną Instytutu,
2. prowadzenie działalności edukacyjnej dla dzieci i młodzieży w Akwarium Gdyńskim;

10) kształcenie i doskonalenie kadr specjalistów z dziedzin objętych działalnością Instytutu;

11) wykonywanie innych zadań zleconych przez organ nadzorujący.

Instytut może prowadzić również inną działalność niż wymieniona wyżej, w zakresie:

1) dzierżawa własności intelektualnej i podobnych produktów, z wyłączeniem prac chronionych prawem autorskim (PKD 77.40.Z);
2) sprzedaż hurtowa pozostałych maszyn i urządzeń (PKD 46.69.Z);
3) sprzedaż hurtowa niewyspecjalizowana (PKD 46.90.Z);
4) pozostałe badania i analizy techniczne (PKD 71.20.B);
5) pozostała działalność profesjonalna, naukowa i techniczna, gdzie indziej niesklasyfikowana (PKD 74.90.Z);
6) wynajem i zarządzanie nieruchomościami własnymi lub dzierżawionymi (PKD 68.20.Z);
7) transport morski i przybrzeżny pasażerski (PKD 50.10.Z);
8) wynajem i dzierżawa środków transportu wodnego (PKD 77.34.Z);
9) działalność związana z organizacją targów, wystaw i kongresów (PKD 82.30.Z);
10) sprzedaż detaliczna pozostałych nowych wyrobów prowadzona w wyspecjalizowanych sklepach (PKD 47.78.Z);
11) restauracje i inne stałe placówki gastronomiczne (PKD 56.10.A);
12) pozostała usługowa działalność gastronomiczna (PKD 56.29.Z);
13) pozostałe doradztwo w zakresie prowadzenia działalności gospodarczej i zarządzania (PKD 70.22.Z).