Dyrektor Instytutu:

1) zarządza całokształtem działalności i reprezentuje Instytut na zewnątrz;

2) kieruje Instytutem przy pomocy zastępcy dyrektora ds. naukowych i zastępcy dyrektora ds. finansowych;

3) programuje i planuje prace naukowo-badawcze realizowane przez jednostki badawcze Instytutu;

4) wydaje zarządzenia wewnętrzne i podejmuje decyzje w sprawach należących do zakresu działania Instytutu oraz sprawuje nadzór nad obiegiem i przechowywaniem dokumentacji wewnętrznej;

5) tworzy i rozwiązuje, w ramach określonych przepisami, komórki organizacyjne Instytutu;

6) nawiązuje i rozwiązuje stosunek pracy z pracownikami;

7) w sprawach osobowych dotyczących pracowników na stanowiskach naukowych współpracuje z Radą Naukową Instytutu;

8) prowadzi politykę zapewniającą właściwe wykorzystanie kadr w Instytucie oraz decyduje o awansach, przeszeregowaniach oraz innych formach wyróżnień pracowników;

9) przedkłada Ministrowi właściwemu do spraw szkolnictwa wyższego i nauki wnioski o dofinansowanie działalności statutowej i inwestycyjnej, aplikuje o środki na finansowanie zamawianych projektów badawczych w odpowiedzi na ogłaszane konkursy, a także popiera wnioski pracowników na realizację indywidualnych projektów badawczych;

10) przedkłada w Ministerstwie Nauki i Szkolnictwa Wyższego wnioski o dofinansowanie działalności statutowej i inwestycyjnej, aplikuje o środki na finansowanie zamawianych projektów badawczych w odpowiedzi na ogłaszane konkursy, a także popiera wnioski pracowników na realizację indywidualnych projektów badawczych;

11) zleca zagraniczne wyjazdy służbowe pracowników;

12) zwołuje pierwsze posiedzenia Rady Naukowej;

13) odpowiada za realizację zadań obronnych wynikających z ustawowych i wewnętrznych regulacji;

14) nadzoruje i koordynuje osobiście działalność;

a) Akwarium Gdyńskiego,

b) Zakładu Sortowania i Oznaczania Planktonu,

c) Zakładu Logistyki i Monitoringu,

d) Działu Kadr i Organizacji,

e) Radcy prawnego,

f) Głównego specjalisty ds. wspólnej polityki rybackiej Unii Europejskiej,

g) Specjalisty ds. bezpieczeństwa i higieny pracy,

h) Specjalisty ds. obronnych,

i) Pełnomocnika ds. ochrony informacji niejawnych,

j) Specjalisty ds. promocji i komunikacji,

k) Inspektora Ochrony Danych,

l) Pełnomocnika ds. jakości,

m) Sekcji Eksploatacji Statków,

n) R/V Baltica,

o) Działu Informatyki.